Da quel momento l’edificio, che oggi dimostra molti più anni di abbandono rispetto ai 40 anni di inutilizzo effettivo, fu teatro di messe nere, sedute spiritiche e altri riti occulti. Secondo la tradizione orale quello che avvenne durante i 30 anni di attività del manicomio fu orribile: la struttura era gestita da suore e persone di chiesa che poco o nulla avevano a che fare con la carità cristiana, e i piccoli venivano sottoposti a torture, sperimentazioni e metodi che lasciavano poco scampo alle misere forze di bambini malati. Leggenda vuole che vi fosse anche una fossa comune in cui i corpi dei piccoli che non avevano retto ai crudeli trattamenti del personale venivano sepolti.
La leggenda più diffusa riguardante l’ospedale è la storia del piccolo Filippo Erni. Il bambino avrebbe ucciso alcuni suoi compagni dell’istituto, e sarebbe stato quindi imprigionato in una stanza nel piano più alto dell’edificio. L’insopportabile prigionia lo costrinse a tentare la fuga gettandosi dalla finestra, trovando la morte sul pavimento esterno dell’edificio. In tanti sostengono che la notte si possano sentire i suoi piccoli e agili passi fra le stanze e i cortili desolati dell’ospedale, mentre altri sostengono che il bambino biondo di 12 anni faccia addirittura girare la giostrina che si trova nella cappella adiacente lo stabile centrale.
L’ultima discussa leggenda che si conosce di Aguscello è quella relativa alla sua improvvisa chiusura. La storia più diffusa è che un incendio, appiccato probabilmente da un paziente o da una persona che mal sopportava i trattamenti riservati ai bambini, abbia distrutto l’edificio, lasciandolo nello stato odierno, ma ad oggi non sono visibili tracce di fuoco o fuliggine, rendendo improbabile quest’ipotesi. Altra soluzione al mistero viene suggerita riguardo un’epidemia fra i piccoli pazienti, che avrebbe ucciso tutti i bambini, e che sarebbero stati sepolti nella fossa comune loro riservata. L’ospedale sarebbe poi stato distrutto e smantellato per occultare prove e testimonianze di quanto successo nei 30 anni di funzionamento della struttura.